Ανακοινώσεις μαθήματος Πρωτεϊνική Μηχανική

Επικαιροποίηση ημερολογίου - Αξιολόγηση

Wed, 22 Apr 2026 13:02:25 +0300

Καλησπέρα σε όλους,

ανέβηκαν όλες οι διαλέξεις μέχρι το τέλος του εξαμήνου και επικαιροποιήθηκε το ημερολόγιο. Όπως αναφέρθηκε στην συνάντηση μας, υπάρχουν τρεις ακόμα διαλέξεις που θα λάβουν χώρα μετά την επιστροφή μου τον Μάιο και θα έχουμε τις δύο παρουσιάσεις εργασιών. Για την εργασία 2 παρακαλώ να μου στείλετε τα αρχεία στο e-mail μία εβδομάδα πριν (10.05.2026). Για την εργασία 3 έχω ανεβάσει το αρχείο και είμαι στη διάθεση σας για όποιες ερωτήσεις.

Τέλος δύο σημειώσεις. Έχω παραδώσει χαρτάκια για την αξιολόγηση του μαθήματος. Όσοι δεν τα έχετε πάρει, παρακαλώ ζητήστε τα από τους συνεργάτες σας στην ομάδα (νομίζω άφησα παραπάνω στην κα. Πατούνη και στην κα. Τάκη). Είναι πολύ σημαντική η ανατροφοδότηση σας. Παρακαλώ δώστε λίγο χρόνο να αξιολογήσετε το μάθημα και δώστε έμφαση σε αυτά που σας άρεσαν, αλλά και αυτά που θα μπορούσαν να βελτιωθούν, είναι δύο ερωτήσεις με ανοιχτό κείμενο. Θα ήθελα την ανατροφοδότηση σας εκεί, καθώς γνωρίζετε πως στον σχεδιασμό του κάθε έτους λαμβάνω υπόψη τα σχόλια σας.

Κατά δεύτερον, θα ήθελα να συζητήσετε πότε θα θέλατε να γίνει η εξέταση του μαθήματος. Προτείνω την εβδομάδα 15-19/6, κάθε ομάδα θα χρειαστεί max. 1 ώρα για την εξέταση. Οπότε παρακαλώ στην επόμενη διάλεξη αν μπορέσετε να έχετε ελέχξει την διαθεσιμότητα σας, ώστε να κανονίσουμε την μέρα και ώρα των εξετάσεων.

Με εκτίμηση,

Γιάννης Παυλίδης

Διαλέξεις "Ωνάσσης"

Mon, 05 May 2025 10:31:49 +0300

Καλημέρα σας,

στις 7-11 Ιουλίου υπάρχουν οι διαλέξεις "Ωνάσης" στο ΙΤΕ, και φέτος σχετίζονται άμεσα με το μάθημα μου. Θα μιλήσει η F. Arnold (directed evolution of proteins), D. Hilvert (de novo synthesis of enzymes), Tobias Erb (metabolic engineering, είχε δώσει ομιλία στο τμήμα μας μετά από πρόσκληση μου), J. Moore (transaminase evolution στην περίπτωση της sitagliptin). Θα είναι εξαιρετική περίπτωση να έρθετε σε επικοινωνία με κορυφαίους επιστήμονες του κλάδου. Αιτήσει μέχρι 31/5. Θέλει δύο συστατικές επιστολές, εγώ μπορώ να σας δώσω την μία.

https://www.forth.gr/onassis/index.php?show=2025-07-07

Καλή συνέχεια,

Γιάννης Παυλίδης

Διαλέξεις "Ωνάσσης"

Mon, 05 May 2025 10:31:42 +0300

Καλημέρα σας,

https://www.forth.gr/onassis/index.php?show=2025-07-07

Καλή συνέχεια,

Γιάννης Παυλίδης

Σεμινάριο 2

Tue, 08 Apr 2025 18:06:09 +0300

Καλησπέρα σας,

ανέβασα τις οδηγίες για το σεμινάριο 2, καθώς και το PDF για το πλασμίδιο και την διόρθωση για το AlphaFold. Σας άλλαξα τη διεύθυνση και τώρα σας ανακατευθύνει στο AlphaFold3, λογικά θα πρέπει να συνδεθείτε με ένα gmail και μετά απλά να καταθέσετε την αλληλουχία σας.

Το κομμάτι των βιβλιοθηκών σας το εξηγώ αναλυτικά, αλλά αν έχετε κάνει καταγραφή των αμινοξέων που χρειάζεται να συμπεριλάβετε στην βιβλιοθήκη σας, μπορούμε πολύ γρήγορα στις 29/4 στη διάλεξη να ανοίξουμε το αρχείο και να κάνουμε μία δοκιμαστική βιβλιοθήκη για να δείτε πως θα το ολοκληρώσετε αυτό.

Παρακαλώ κάθε ομάδα να μου στείλει, την πρωτεϊνη με την οποία θα ασχοληθεί, την υπο-οικογένεια στην οποία ανήκει και τρεις τυχαίους αριθμούς από το 1 έως το 88 (εκτός από τα καταλυτικά αμινοξέα).

Καλή συνέχεια,

Γιάννης Παυλίδης

Ημερομηνία παρουσίασης πρώτου σεμιναρίου

Tue, 25 Mar 2025 11:51:11 +0300

Καλημέρα σε όλους,

καθώς δέχτηκα κάποιο αίτημα για αλλαγή την μέρας και ώρας παρουσίασης θα σας βόλευε η Παρασκευή 4/4 9:00; Να ενημερώσω παράλληλα ότι στις 12:00 την ίδια ημέρα θα έχουμε μία προσκεκλημένη ομιλία από ένα συνεργάτη μου πάνω σε θέματα βιοπληροφορικής.

Παρακαλώ συζητήστε το και αν δεν βολεύει να μου στείλετε ένα mail. Σε κάθε περίπτωση μπορούμε να το συζητήσουμε στις 1/4 στη διάλεξη. Θα ήθελα όμως οι παρουσιάσεις να είναι έτοιμες την επόμενη εβδομάδα για να προχωρήσουμε στο δεύτερο σεμινάριο.

Καλή συνέχεια,

Γιάννης Παυλίδης

Σεμινάρια και τελευταία διάλεξη

Thu, 16 May 2024 11:59:13 +0300

Καλημέρα,

ενημερώνω πως ανέβασα την τελευταία διάλεξη η οποία θα ολοκληρωθεί στις 28/5 13:00-16:00. Εκείνη την εβδομάδα θα γίνει και η παρουσίαση του δεύτερου σεμιναρίου. Εκείνες τις μέρες θα συζητήσουμε για την παράδοση του τρίτου σεμιναρίου, που το έχω ανεβάσει ήδη στα αρχεία.

Με εκτίμηση,

Γιάννης Παυλίδης

Οδηγίες για σεμινάριο 2

Wed, 01 May 2024 22:15:57 +0300

Καλησπέρα σας,

σας στέλνω link για τα βίντεο της χθεσινής διαδικτυακής συνάντησης. Δεν τα έχω δει, ελπίζω να φαίνονται καλά.

Βίντεο #1: https://drive.google.com/file/d/1n5Af8UnoQXivqPZmi0S12avl48vYFQOM/view?usp=share_link

Βίντερο #2: https://drive.google.com/file/d/1XEqWGbIQcHOBYaUhVlWVFFPw3vyR9dca/view?usp=share_link

Είμαι στη διάθεση σας για ό,τι ερωτήσεις έχετε.

Καλή συνέχεια και καλές διακοπές,

Γιάννης Παυλίδης

Σεμινάριο 2

Sun, 28 Apr 2024 15:30:31 +0300

Καλησπέρα σας,

ελπίζω να ταξιδέψατε ξεκούραστα και με ασφάλεια.

Σας έχω ανεβάσει το CASTER όπως και το πλασμίδιο για το 2ο σεμινάριο στα αρχεία φάκελος: σεμινάρια).

Την Τρίτη 30/4 13:00-15:00 έχω την δυνατότητα να σας δείξω πως να χρησιμοποιήσετε το Geneious. Παρακαλώ, αν μπορείτε να συνδεθείτε ενημερώστε με μέχρι την Δευτέρα το απόγευμα. Για την συνάντηση μπορείτε να χρησιμοποιήσετε το εξής λινκ:

https://us02web.zoom.us/j/6312437735?pwd=b0VZZHZ3ZHh3TUEzUGQrY01tUytFUT09

Με εκτίμηση,

Γιάννης Παυλίδης

Μάθημα 27.02.2024

Mon, 26 Feb 2024 19:55:51 +0300

Καλησπέρα σας,

Ευγενική υπενθύμιση ότι το αυριανό μάθημα είναι προγραμματισμένο για τις 14:00, λόγω μιας υποστήριξης διδακτορικού νωρίτερα. Επι τη ευκαιρία να σας θυμίσω ότι θα βόλευε αν έχετε υπολογιστή μαζί σας, για να πλοηγηθείτε ανεξάρτητα στα διάφορα εργαλεία που θα σας δείξω.

Καλή συνέχεια,

Γιάννης Παυλίδης

Παρουσιάσεις πρώτου σεμιναρίου

Thu, 14 Apr 2022 14:09:21 +0300

Καλησπέρα σε όλους,

η παρουσίαση του πρώτου σεμιναρίου θα γίνει την Τρίτη 19/4 στις 14:00 στην αίθουσα Β1. Για όσους λείπουν, η παρουσίαση μπορεί να γίνει διαδικτυακά μέσω zoom στον παρακάτω σύνδεσμο https://us02web.zoom.us/j/86047271359?pwd=ZitUN1VFOGswMG0ybEhKUklRZ2E1UT09

Παρακαλώ προωθήστε μου από την προηγούμενη τις διαφάνειες σας για να έχω ρίξει μία ματιά. Επίσης, κατεβάστε το αρχείο αυτοαξιολόγησης για να δείτε ποια κριτήρια θα πρέπει να λάβετε υπόψη στις παρουσιάσεις των συναδέλφων σας (αλλά και που να δώσετε βάση κατά την παρουσίαση σας).

Με εκτίμηση,

Γιάννης Παυλίδης

Εκτάκτως μάθημα εξ' αποστάσεως στις 12/4

Mon, 11 Apr 2022 12:29:22 +0300

Καλησπέρα σε όλους,

λόγω νόσησης του γιου μου με κορονοϊό, και σε αναμονή των δικών μου αποτελεσμάτων, το αυριανό μάθημα θα γίνει εκτάκτως εξ'αποστάσεως, μέσω της πλατφόρμας zoom, στον παρακάτω σύνδεσμο: https://zoom.us/j/94511126295?pwd=eDFhckZnWWU2eUNVYUt4dllrUnJLdz09

Υπάρχει δωμάτιο αναμονής, η έναρξη είναι στη 13:00. Δεδομένης της κούρασης στην οθόνη, ίσως κάνουμε περισσότερα διαλλείματα, οπότε υπολογίστε ως τις 16:00, αν είναι δυνατόν.

Ζητώ συγνώμη για την αναστάτωση!

Με εκτίμηση,

Ιωάννης Παυλίδης

Doodle link και ημερομηνία σεμιναρίου

Thu, 07 Apr 2022 14:18:29 +0300

Καλησπέρα σε όλους,

Δυστυχώς για κάποιο λόγω που έχει να κάνει με την νέα φόρμα του Doodle, δεν μας αφήνει να κρατήσουμε ανοιχτό το poll για παραπάνω μέρες. Δείτε τις ημερομηνίες στις προηγούμενες ανακοινώσεις και "ψηφίζουμε" την Τρίτη στο μάθημα.

Συγνώμη για την αναστάτωση!

Γιάννης Παυλίδης

Επόμενο μάθημα και πρώτο σεμινάριο

Wed, 06 Apr 2022 13:26:17 +0300

Καλημέρα σας,

το μάθημα της επόμενης Τρίτης 12/4 θα γίνει κανονικά δια ζώσης στις 13:00.

Σας προωθώ ένα doodle για να δηλώσετε διαθεσιμότητα για την παρουσίαση του πρώτου σεμιναρίου.

https://doodle.com/meeting/organize/id/dBBoyyxd?authToken=aXBhdmxpZGlAaWNsb3VkLmNvbTtJb2FubmlzIFBhdmxpZGlz.b0n1ZeReVVVK4uIZpU

Παρακαλώ μέχρι την Τρίτη να έχετε απαντήσει όλοι. Το event μπορεί να είναι υβριδικό (και με σύνδεση εξ'αποστάσεως για όσους δεν μπορούν να παρεβρεθούν). Ενδεικτικές μέρες και ώρες είναι οι εξής:

Παρασκευή 15/4 10-14

Τρίτη 19/4 9-13 ή 11-15

Πέμπτη 28/4 9-13 ή 13-17

Παρασκευή 29/4 12-16

Υπολογίζω 4 ώρες για να έχουμε 6 μισάωρες παρουσιάσεις, συζήτηση και διαλείματα, το πιθανότερο είναι να τελειώσουμε νωρίτερα.

Ευχαριστώ!

Με εκτίμηση,

Γιάννης Παυλίδης

Μάθημα 12/4 και ημερομηνία πρώτου σεμιναρίου

Wed, 06 Apr 2022 13:26:32 +0300

Καλημέρα σας,

το μάθημα της επόμενης Τρίτης 12/4 θα γίνει κανονικά δια ζώσης στις 13:00.

Σας προωθώ ένα doodle για να δηλώσετε διαθεσιμότητα για την παρουσίαση του πρώτου σεμιναρίου.

https://doodle.com/meeting/organize/id/dBBoyyxd?authToken=aXBhdmxpZGlAaWNsb3VkLmNvbTtJb2FubmlzIFBhdmxpZGlz.b0n1ZeReVVVK4uIZpU

Παρασκευή 15/4 10-14

Τρίτη 19/4 9-13 ή 11-15

Πέμπτη 28/4 9-13 ή 13-17

Παρασκευή 29/4 12-16

Ευχαριστώ!

Με εκτίμηση,

Γιάννης Παυλίδης